अफगानों ने इब्राहिम लोदी के भाई महमूद लोदी के नेतृत्व में बिहार पर अधिकार कर लिया और बाबर के लिए एक मात्र विरोधी रह गया था। बाबर ने 06 मई, 1529 ई. को बंगाल एवं बिहार की संयुक्त सेना को घाघरा के युद्ध में कुचल डाला। घाघरा का युद्ध उत्तर प्रदेश के गोरखपुर के निकट घाघरा नदी के तट पर लड़ा गया था! घाघरा का युद्ध बाबर द्वारा लड़ा गया अंतिम युद्ध एवं मध्यकालीन इतिहास का प्रथम युद्ध था, जिसे जल एवं थल दोनों जगह लड़ा गया।
इस युद्ध के लगभग डेढ़ वर्ष बाद ही बीमारी के कारण 26 दिसम्बर, 1530 को बाबर की मृत्यु हो गई।